Территория заповедника делится на 4 зоны:
- Заповедная - составляет 18 083 га
включает в себя лесные массивы Байнево, Селигер, Вельё. Предназначена для сохранения природной среды в естественном состоянии. В её границах запрещена любая экономическая деятельность.
- Особо охраняемая - 36 014 га
водосборный бассейн реки Полометь. Эта территория предназначена для сохранения природной среды в естественном состоянии. Её можно посещать с экскурсией и в целях познавательного туризма.
- Рекреационная - 94 020 га
предназначена для размещения туристических объектов, музеев и информационных центров, развития физической культуры и спорта.
- Хозяйственная - 11 193 га
включает в себя земли, необходимые для обеспечения работы самого национального парка и жизнедеятельности людей, проживающих на его территории.